入院費には、健康保険が適用されるものとそうでないものがあります。
健康保険が適用される、入院基本料や治療料は、高額療養費制度が受けられるので、患者が実質負担する金額は、9万円または16万円程度の一定額を超えません。
また、入院中の食事代も保険適用ですが、一般の場合は1食につき260円（住民税非課税世帯なら、1食あたり100円から210円）の標準負担額が、患者の自己負担となります。
健康保険が適用されないものには、差額ベッド代（個室料）、高度先進医療や入院時の諸雑費などがあり、全額が患者の自己負担となります。
（※金額は2007年時点）
病気、ケガの種類や症状、治療内容、入院期間などによって異なりますが、大まかな内訳は次のとおりです。
●入院基本料……病棟の種類（一般病棟や療養病棟等）や、平均在院日数、看護配置などによって、病院ごとに算定されています。
●治療費……投薬料や手術料、検査料（画像診断料）などで、症状や検査項目、それぞれの内容によって金額が変わってきます。
●入院中の食事代……１食につき２６０円の標準負担額を患者が自己負担します。のこりの費用は、保険適用となります。ただし、所得、年齢によって自己負担額が異なり、住民税非課税世帯なら、１食あたり１００円から２１０円になります。
●差額ベッド代（個室料）……患者側が個室を希望する場合は、保険適用外で、医療機関ごとに規定された差額ベッド代がかかります（４人部屋以下で、一人当たり面積が６．４平方メートル以上、プライバシーの確保や個人用の収納があるなどの条件が必要です）。
●入院中の諸雑費……テレビ、冷蔵庫の使用料などで、保険適用外です。
通常入院する際、6人部屋などの大部屋であれば、ベッド代は入院費に含まれますが、「大部屋は嫌なので個室にして下さい」などと個室を希望する場合、差額ベッド代がかかります。差額ベッドの正式名称は「特別療養環境室」といい、次の4つの条件を満たしていなければなりません。
① 1室4床以下である
② １人当たりの面積が6.4㎡以上である
③ ベッドごとにプライバシーを確保する設備（仕切りカーテン等）がある
④ 個人用の私物収納設備、照明、小机、椅子等がある
差額ベッド代は、健康保険がききません。また高額療養費制度や所得税の医療費控除などの対象にもならず、全額自己負担になるため注意が必要です。病院、病室による差が大きく、2004年の厚生労働省のまとめでは、1日最低50円から最高21万円まであり、1日の平均額は5301円、2～3人部屋では2000円台と推計されています。そのうち1人部屋の個室は全体の62％にあたり、平均室料は1日6880円だそうです。
現在では、約6分の１の病床が差額ベッド代のかかる病床だそうですが、差額ベッド代は病院が自由に設定しており、「保険医療機関内の見やすい場所（受付窓口、待合室、ナースステーション前等）に特別療養環境室の各々についてそのベッド数および料金を患者にとって分かりやすく掲示しておく」という決まりがあるので、事前にいくらなのかを確認し、入院時には同意書をしっかりと読んで、理解したうえでサインをしましょう。